이 오랜 논란 끝에 탈원전 에너지 정책 수립 과정에 "절차적 문제가 없다"고 결론내렸다.즉 에기본에 맞춰 전기본을 수립해야 하는데, 반대로 전기본을 만든 뒤 그 내용을 반영해 에기본을 바꿔 절차적 문제가 있다고 주장한 것이다.이에 대해 산업부는 "비구속적인 행정계획인 제2차 에기본 수정없이 제3차 전기본을 수립한 것은 법적으로 문제가 없다"는 입장을 밝혔는데, 감사원이 산업부의 손을 들어준 것이다.